北海道地方

北海道ちほく高原鉄道（旧池北線、2006年廃止）

東北地方

三陸鉄道 ※（旧盛線・宮古線・久慈線、建設線〈盛線・宮古線・久慈線〉）
秋田内陸縦貫鉄道 ※（旧阿仁合線・角館線、建設線〈鷹角線〉）
由利高原鉄道 ※（旧矢島線）
山形鉄道 ※（旧長井線）
阿武隈急行 ※（旧丸森線、建設線〈丸森線〉）
会津鉄道 ※（旧会津線）

関東地方

野岩鉄道 ※（全線建設線〈野岩線〉）
わたらせ渓谷鐵道 ※（旧足尾線）
真岡鐵道 ※（旧真岡線）
いすみ鉄道 ※（旧木原線）
鹿島臨海鉄道 ※（建設線〈鹿島線〉）

北陸信越地方

北越急行 ※（全線建設線〈北越北線〉）
のと鉄道（旧能登線。同線区間は2005年廃止）

東海地方

神岡鉄道（旧神岡線、2006年廃止）
樽見鉄道 ※（旧樽見線、建設線〈樽見線〉）
明知鉄道 ※（旧明知線）
長良川鉄道 ※（旧越美南線）
愛知環状鉄道 ※（旧岡多線、建設線〈瀬戸線〉）
天竜浜名湖鉄道 ※（旧二俣線）
伊勢鉄道 ※（旧伊勢線）

近畿地方

北近畿タンゴ鉄道 ※（旧宮津線、建設線〈宮福線〉〔旧称・宮福鉄道〕）
信楽高原鐵道 ※（旧信楽線）
北条鉄道 ※（旧北条線）
三木鉄道（旧三木線、2008年廃止）

中国地方

若桜鉄道 ※（旧若桜線）
智頭急行 ※（全線建設線〈智頭線〉）
井原鉄道 ※（全線建設線〈井原線〉）
錦川鉄道 ※（旧岩日線）

四国地方

阿佐海岸鉄道 ※（全線建設線〈阿佐東線〉）
土佐くろしお鉄道 ※（旧中村線、建設線〈宿毛線・阿佐西線〉）

九州地方

平成筑豊鉄道 ※（旧伊田線・糸田線・田川線）
甘木鉄道 ※（旧甘木線）
松浦鉄道 ※（旧松浦線）
南阿蘇鉄道 ※（旧高森線）
高千穂鉄道（旧高千穂線 2005年運休、2008年廃止）
くま川鉄道 ※（旧湯前線）

整備新幹線の並行在来線区間を転換

道南いさりび鉄道

（北海道新幹線に並行する江差線の木古内 - 五稜郭 37.8kmを転換）
青い森鉄道

（第2種事業者、東北新幹線に並行する東北本線のうち青森県内の目時 - 青森 121.9km を転換）
IGRいわて銀河鉄道

（東北新幹線に並行する東北本線のうち岩手県内の盛岡 - 目時 82.0km を転換）
しなの鉄道

（北陸新幹線に並行する信越本線のうち長野県内の軽井沢 - 篠ノ井 65.1km 、および長野 - 妙高高原37.3kmを転換）
えちごトキめき鉄道

（北陸新幹線に並行する信越本線のうち新潟県内の妙高高原 - 直江津 37.7km、および北陸本線の新潟県内の直江津 - 市振 59.3kmを転換）
あいの風とやま鉄道

（北陸新幹線に並行する北陸本線のうち富山県内の市振 - 倶利伽羅 100.1kmを転換）